Produktinformation

Empfohlene Nutzung:

Diese Produkte sind in idealer Weise geeignet für digitale PCR und/oder Next Generation Sequencing (NGS). Insbesondere zur

1. Validierung und Entwicklung von Sequenzierprotokollen (z.B. Amplicon Sequencierung) und PCR-Protokollen
2. Spike-In Experimente mit synthetischen cfDNA Fragmenten
3. Kontrolle bei Workflow-Validierungen (NGS, PCR, …)
4. Vergleich der eigenen NGS Performance mit frei verfügbaren Datensätzen

5. Negativkontrolle für EGFR Mutationen (p.G719S, p.E746_A750delELREA, p.S752_I759delSPKANKEI, p.S768I, p.V769_D770insASV, p.T790M, p.L858R, p.L861Q)

6. Negativkontrolle für 5 Gene Multiplex Mutationen (AKT1 – p.E17K;BRAF – p.V600E; ERBB2 – p.Y772_A775dup; KRAS – p.G12D, p.Q61K, p.A146T; PIK3CA – p.E545K, p.H1047R)

7. Negativkontrolle für PIK3CA-11 mutations 12.5% AF cfDNA (SID-000099) (C420R – E542K – E545A – E545D – E545G – E545K – Q546E – Q546R – H1047L – H1047R –  H1047Y)

Menge pro Einheit:
400ng

Konzentration:
20 ng/µl

Puffer:
Tris-EDTA (10 mM Tris, 1 mM EDTA), pH 8,0

Lagerung:
2-8 °C

Haltbarkeit:
stabil bis 24 Monate nach Herstellungsdatum (wie geliefert)

Qualitätssicherung

Fragmentgröße:
High Sensitivity DNA Kit Agilent

Allelfrequenz:
Next Generation Sequencing

Quantifizierung:
UV-Vis Spectrophotometry (NIST-Referenzmethode)

Technischer Hintergrund

Ursprung:
cell line GM24385 (HG002- NA24385 – huAA53E0)

Bioinformatik:
– lot specific sequencing files: LOT Search
– High-confidence variant calls: ftp://c<yftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/giab/ftp/release/AshkenazimTrio
– Raw datasets and bam files, currently including 10X Genomics, BioNano, Complete Genomics regular and LFR, 300x Illumina paired-end, Illumina 6kb mate-pair, 1000x Ion exome, custom moleculo libraries, ~0.05x Oxford Nanopore, and 70x/30x/30x PacBio: ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/giab/ftp/data/AshkenazimTrio/HG002_NA24385_son/