Produktinformation
Diese Produkte sind in idealer Weise geeignet für digitale PCR und/oder Next Generation Sequencing (NGS). Insbesondere zur
– Validierung und Entwicklung von Sequenzierprotokollen (z.B. Amplicon Sequencierung) und PCR-Protokollen
– zur Bestimmung der Nachweisgrenze der Methode
– zur Extraktionskontrolle
– routinemäßige Leistungsüberwachung (Nur für Forschungszwecke)
Produktübersicht
Format: FFPE (Formalin Fixed Paraffin Embedded)
Menge pro Verkaufseinheit: 5 FFPE Schnitte (gerollt)
Menge pro Röhrchen: 1 FFPE Schnitt (gerollt)
Erwartete DNA Menge pro Röhrchen: ≥ 400 ng / Schnitt bei Verwendung von Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE kit
Erwartete RNA Menge pro Röhrchen: ≥ 400 ng / Schnitt bei Verwendung von Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE kit
Schnittdicke: 10 µm
Mutationen:
Wildtyp für die meisten Tumorrelevanten Mutationen. Das Genom wurde über verschiedene Verfahren sequenziert (s.u.) und auf spezifische Mutationen mittels ddPCR orthogenal getestet.
Allelfrequenz: Nein
Lagerung: 2-8 °C
Haltbarkeit: 24 Monate nach Herstellungsdatum
Qualitätssicherung (DNA)
Allelfrequenz/Kopienzahl (metrologisch rückverfolgbar): ddPCR (Bio-Rad)
Quantifizierung (metrologisch rückverfolgbar): fluorometrische dsDNA Messung (QuBit)
DNA Quality: Agarose Gelelectrophorese
Qualitätssicherung (RNA)
Quantifizierung: fluorometrische RNA Messung (Qubit)
Qualitätssicherung (weitere)
Zelldichte:
1. Visuell über Durchlichtmikroskopie
2. kalibrierte Messung
Technischer Hintergrund
Ursprung:
The Genome In A Bottle (GIAB) cell line from the Personal Genome Project (PGB): GM24385 (HG002- NA24385 – huAA53E0)
Bioinformatik:
– Lot specific sequencing files: LOT Search
– High-confidence variant calls: ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/giab/ftp/release/AshkenazimTrio
– Raw datasets and bam files, currently including 10X Genomics, BioNano, Complete Genomics regular and LFR, 300x Illumina paired-end, Illumina 6kb mate-pair, 1000x Ion exome, custom molecular libraries, ~0.05x Oxford Nanopore, and 70x/30x/30x PacBio: ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/giab/ftp/data/AshkenazimTrio/HG002_NA24385_son/
*GRCh38 COSMICv90
